Климат Кыргызстана, как и любой территории, определяется её географическим положением и формируется в результате взаимодействия трёх главных факторов - солнечной радиации, атмосферной циркуляции и подстилающей поверхности.
Небольшая протяжённость Кыргызстана (454 км с севера на юг и 925 км с запада на восток) мало влияет на изменение климатических условий по территории. Решающая роль в формировании климатических условий принадлежит рельефу и орографии.

Сложный горный рельеф с большими амплитудами высот, наличие крупного незамерзающего озера Иссык-Куль создают значительные климатические различия: в Кыргызстане представлены все типы климатов - от резко континентального до морского.

Горный характер рельефа обусловливает вертикальную зональность климатических поясов, осложненную орографией: широтно вытянутые, сильно изрезанные горные хребты и межгорные котловины оказывают существенное влияние на формирование климатических условий.

Характерными чертами горного климата являются понижение с высотой атмосферного давления и температуры воздуха (в среднем на 0,6°C на 100 м), уменьшение суточных и годовых колебаний температуры, увеличение осадков до определённой высоты.

На территории Кыргызстана можно чётко выделить четыре климатические области:
Северный и Северо-Западный Кыргызстан, в который входят Чуйская, Таласская и Кеминская долины с их горным обрамлением;
Юго-Западный Кыргызстан, включающий Ферганскую, Чаткальскую и Алайскую долины и обрамляющие их хребты;
Северо-Восточный Кыргызстан, в который входит Иссык-Кульская котловина с её горным обрамлением;
Внутренний Тянь-Шань.

Северный и Северо-Западный Кыргызстан характеризуется умеренно тёплым и относительно увлажнённым климатом со среднегодовой температурой воздуха 5?10°C, средней температурой января -10?-5°C, средней температурой июля 20?25°C. В днищах долин абсолютная максимальная температура 37?44°C, абсолютная минимальная -36?-42°C, по северу Чуйской долины - 44?-46°C.
С увеличением высоты местности температура понижается на 0,5?0,6°C на каждые 100 метров. Среднегодовая температура воздуха в предгорьях 5?7°C, в высокогорной зоне 0?-2°C. Средняя температура января в предгорьях -4?-6°C, абсолютная минимальная -30?-34°C. Средняя температура июля в предгорьях 18?25°C, в высокогорной зоне 8?9°C, абсолютная максимальная температура 34?35°C и 22?24°C соответственно.

На распределение осадков в Чуйской долине решающее влияние оказывает высота местности. Годовое количество осадков возрастает от 370 мм на севере долины до 425-500 мм вверх по долине. Вверх по склонам Кыргызского хребта количество осадков увеличивается до 1000 мм и более. В Таласской долине осадков выпадает меньше - 220-320 мм. Максимум осадков приходится на апрель-май в долинах и нижней части склонов и смещается на май-июнь с увеличением высоты местности.

Юго-Западный Кыргызстан - наиболее тёплая и увлажнённая климатическая область Кыргызстана, где, в отличие от других климатических областей, в холодный период года выпадает значительное количество осадков. Обусловлено это тем, что юго-западный Кыргызстан находится под усиленным влиянием южных циклонов, приносящих влажный тропический воздух, тогда как другие климатические области - под влиянием сибирского антициклона.

В предгорьях Ферганской долины среднегодовая температура воздуха составляет 8?12°C, средняя температура января -3?-4°C, средняя температура июля 23?26°C. Абсолютная максимальная температура около 40°C, абсолютная минимальная -23?-29°C. Годовые суммы осадков в предгорьях колеблются от 300 до 650 мм. С увеличением высоты местности количество осадков также увеличивается. На склонах субмеридиональных хребтов (Угамский, Сандалашский, Пскемский, Ферганский, Чаткальский) годовая сумма осадков составляет 1000-1500 мм, на склонах субширотных хребтов (Туркестанский, Алайский и Заалайский) осадков выпадает меньше.

Высокая температура воздуха в тёплый сезон года, засуха в конце лета и основное количество осадков в зимне-весенний период в предгорьях Ферганской долины - это черты субтропического континентального климата. Но более холодная, чем в субтропиках зима характерна для климата умеренного пояса.

На склонах хребтов и в высокогорной Алайской долине климатические условия более холодные. В Алайской долине средняя годовая температура воздух меняется от +3°C в днище долины до -3°C в высокогорной зоне. Средняя температура января меняется от -13 до -17°C, средняя температура июля от 10 до 16°C. Абсолютные максимальные и минимальные значения температуры воздуха достигают 29?34°C и -40?-35°C. Годовая сумма осадков в днище долины составляет 310-370 мм. На склонах хребтов осадков выпадает больше. В Чаткальской долине годовая сумма осадков составляет 440 мм, годовой максимум осадков приходиться на март, минимум - на август-сентябрь. Это один из наиболее снежных районов Кыргызстана.

Климат Северо-Восточного Кыргызстана формируется под влиянием большого по площади незамерзающего озера Иссык-Куль, расположенного на высоте 1600 м над уровнем моря и имеет черты морского: мягкую зиму, относительно тёплое лето, сглаженный ход годовой температуры воздуха.

Условия увлажнения значительно меняются с запада (полупустыня) на восток (почти достаточное увлажнение) и в целом увеличиваются с высотой места. В котловине развиты два местных штормовых ветра - "улан" в западной части котловины и "санташ" в восточной. Особенно большой силы (25-30 м/с) может достигать "улан".

Западная часть котловины - самая засушливая территория Кыргызстана. Осадков здесь выпадает всего 100-120 мм. С продвижением на восток количество осадков увеличивается до 250-300 мм в центральной части и до 400 мм и более в восточной. Максимум осадков приходится на июль-август, минимум - на январь-февраль. По склонам гор осадки значительно увеличиваются в восточной части котловины (до 800 мм и более) и меньшее их увеличение наблюдается в западной части.

В пределах днища котловины среднегодовая температура воздуха составляет 6?8°C, средняя температура января -3?-7°C, средняя температура июля 17?23°C. С увеличением высоты на склонах хребтов температура воздуха понижается и климатические условия становятся более суровыми.

К Внутреннему Тянь-Шаню относятся горные области, лежащие южнее Таласского, Кыргызского хребтов, Тескей Ала-Тоо и восточнее Ферганского хребта. Эта внутренняя климатическая область, закрытая со всех сторон периферийными хребтами, получает мало влаги. Значительный диапазон высотных отметок (от 1 до 4 км в днищах котловин до 5-6 км в верхней части хребтов) обусловливает большое разнообразие местных климатов, отличительной чертой которых является высокая степень континентальности.

Это самая холодная климатическая область Кыргызстана. Средняя годовая температура воздуха изменяется от 9°C на высоте 1 км до -10°C на высоте 4 км. Максимальная температура понижается от 37 до 22°C на тех же высотах, минимальная температура очень низка на всех высотах.

Определяющее влияние на режим зимней температуры воздуха оказывает рельеф - за счёт стока холодного воздуха со склонов гор в днища котловин образуются интенсивные очаги холода с инверсионным распределением температуры по высоте. Абсолютная минимальная температура в Тогуз-Тороуской котловине (высота 1,3 км) -40°C, в Кочкорской котловине (1,7 км) -36°C, в Суусамырской котловине (2,1 км) -49°C, в Ак-Сайской долине (3,1 км) -54°C, в урочище Кумтор (3,6 км) -49°C.

Годовые суммы осадков относительно малы: в Тогуз-Тороуской котловине 320 мм, В Кочкорской котловине 212 мм, в Суусамырской котловине 376 мм, в Ак-Сайской долине 257 мм, в урочище Кумтор 323 мм. Как видно, чёткая высотная зависимость здесь отсутствует. Можно указать на следующие весьма усреднённые тенденции - количество осадков уменьшается во Внутреннем Тянь-Шане с запада на восток и с севера на юг. Вместе с тем, на крайнем востоке, где имеется обширная зона оледенения в районе хребтов Ак-Шийрак и Меридиональный, годовая сумма осадков, по ориентировочным данным, достигает 800 мм и более. Максимум осадков приходится на май-июнь, минимум - на январь, декабрь.